El Museo de Ciencias Naturales se crea en el año 1905 por iniciativa del catedrático D. José López de Zuazo, quien decide destinar un espacio anexo al Gabinete de Historia Natural para albergar las colecciones y ejemplares dispersos por el Centro desde finales del siglo anterior. Sus fondos proceden básicamente de donaciones de Instituciones nacionales y extranjeras, pafticulares, antiguos alumnos, recolecciones y, en algunos casos, de compra directa.

Otros materiales formaban parte del equipamiento docente de la época. Se ha organizado en dos espacios: en el primero, que ocupa la antigua aula de Dibujo, se exponen fundamentalmente fauna, flora y maquetas docentes; en el segundo, el Coro de la antigua Capilla, se encuentra una interesante colección de materiales de laboratorio de Ciencias Experimentales y del aula de agricultura.

Probablemente sea uno de los pocos Museos escolares que aún se puede contemplar en aquellos viejos Institutos de Segunda Enseñanza de mediados del siglo XIX. En este recinto privilegiado/ cuyas paredes por sí solas ya emanan belleza e historia burgalesa, se puede apreciar la impoftancia del patrimonio docente conservado hasta la fecha, en muchos casos único en su género, al tiempo que se disfruta de una lección de Historia Natural a la antigua usanza.

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